genome sequencing of coronavirus in sewage

Sekwencjonowanie genomu ścieków może pomóc odkryć nowe warianty koronawirusa: naukowcy z USA

Pojawienie się bardziej przenośnych i zaraźliwych szczepów koronawirusa wzbudziło alarm, powodując nowe blokady w niektórych krajach. Na przykład nowy wariant wirusa, znany jako B.1.1.7, szybko rozprzestrzenia się w Wielkiej Brytanii i został również wykryty w kilku krajach, w tym w Indiach. Ponieważ wirus szybko mutuje, lekarze na całym świecie debatują nad tym, czy obecne szczepionki będą skuteczne przeciwko nowym szczepom. Nawet dyrektor wykonawczy WHO ds. Nagłych wypadków, dr Mike Ryan, ostrzegł, że drugi rok pandemii COVID-19 może być trudniejszy, biorąc pod uwagę pojawiające się warianty SARS-CoV-2 i ich dynamikę transmisji. Dlatego organizacja podkreśliła znaczenie udoskonalenia sekwencjonowania genomowego w celu wczesnego identyfikowania nowych wariantów i reagowania na nie. Przeczytaj także – „Zmieniacz gry przeciwko Covid-19”: panel ekspertów zaleca badanie fazy 1 szczepionki donosowej Bharat Biotech. Amerykańscy naukowcy sugerują zbadanie ścieków pod kątem nowych wariantów koronawirusa. Według raportu PTI Kara Nelson z University of California (UC) -Berkeley i jej zespół są zdania, że ​​sekwencjonowanie genomu wirusa w ściekach może pomóc w odkryciu nowych wariantów, zanim zostaną wykryte przez lokalne testy kliniczne. Przeczytaj także – Aktualizacje na żywo COVID-19: Przypadki w Indiach wzrastają do 10595660, podczas gdy liczba ofiar śmiertelnych osiąga 1,52718 Nelson wyjaśnił, że gdy SARS CoV-2 wydalany przez osoby zakażone COVID-19 trafia do ścieków, pobieranie próbek ścieków dostarczać informacji o zakażeniach dla całej populacji. Przeczytaj także – Otyłość i spożywanie alkoholu może obniżyć skuteczność szczepionek Covid-19 „Możemy uzyskać informacje od wszystkich osób przebywających w kanalizacji, niezależnie od tego, czy są one testowane w klinice, czy też nie. Wiemy, że są osoby z bezobjawowymi infekcjami, które mogą nigdy nie zostać przebadane ”- powiedział Nelson w artykule badawczym opublikowanym w recenzowanym czasopiśmie mBio. Nowa metoda pobierania próbek ścieków Chociaż pobieranie próbek ścieków jest skutecznym sposobem uzyskania informacji na temat ewolucji nowego koronawirusa, naukowcy przyznają, że odróżnienie sygnału genetycznego SARS-CoV-2 i jego RNA od miliardów bakterii i wirusów obecnych w odchodach kałowych to trudne zadanie. Aby ułatwić ten proces, Nelson i jej zespół opracowali i przetestowali nowatorską metodę pobierania próbek ścieków. Zamiast bezpośrednio sekwencjonować wszystko, co jest obecne w próbkach ścieków, ich nowe podejście koncentruje się najpierw na wzbogaceniu wirusowego RNA. Następnie wykorzystują nowatorskie podejście do analizy bioinformatycznej, które było wystarczająco czułe, aby wykryć pojedynczą różnicę nukleotydów, jak wyjaśnił Nelson. Korzystając z nowej metody, naukowcy zsekwencjonowali wirusowe RNA ze ścieków zebranych przez miejskie okręgi komunalne w rejonie Zatoki San Francisco i wygenerowali całe i prawie kompletne genomy SARS-CoV-2. Co ciekawe, stwierdzono, że powszechne genotypy SARS-CoV-2 wykrywane w ściekach są identyczne z genomami klinicznymi z regionu. Odkryli także nowe warianty z bardzo małymi różnicami w materiale genetycznym, które zostały zgłoszone tylko z innych części Stanów Zjednoczonych lub z całego świata. Na podstawie swoich ustaleń Nelson i jej zespół zasugerowali, że sekwencjonowanie ścieków może dostarczyć dowodów na istnienie nowych linii wirusów przed sekwencjonowaniem klinicznym. W artykule zauważono, że niektóre nowe warianty są związane ze wzrostem zdolności przenoszenia, ale jak dotąd nie stwierdzono, aby powodowały ciężkość choroby. WHO rozszerza również swoją współpracę naukową i monitorowanie nowych wariantów SARS-CoV-2. W artykule opublikowanym na swojej stronie internetowej 12 stycznia organizacja stwierdziła, że ​​niektóre nowe warianty są związane ze zwiększoną zdolnością przenoszenia, nie wydają się powodować ciężkości choroby. Opublikowano: 20 stycznia 2021 14:13 | Zaktualizowano: 20 stycznia 2021 14:16